大部分說微波爐會致癌的人認為，微波爐在烹調過程釋出的輻射會危害人體健康。 微波是一種輻射，而「輻射」二字容易令許多人聯想成「致癌」。不過，會致癌的那種輻射是游離輻射，通常只會在核電廠原料或是核武上出現。
微波爐的輻射是電磁輻射（又稱為「電磁波」），本質上跟收音機電波、紅外線以及肉眼可見的光是一樣的，它們的差別只在於頻率的不同。微波的頻率比電波高，但比紅外線和可見光低，既然電波及可見光都不會致癌，微波爐的低能量電波同樣亦不會致癌的。
至於有人認為不要把塑膠放進微波爐加熱，這種說法是正確的。因為在加熱的過程中，塑膠會被熱力融化，並釋放有毒甚至致癌的物質，如果我們進食了這些受污染的食物，對人體健康也會產生影響。
不過，不是所有塑膠都不能放進微波爐，因為由聚丙烯（Polypropylene) 或聚乙烯（Polyethylene）所製的塑膠容器能夠抵受攝氏一百二十度的高溫，而且在加熱過程中不會釋出超過世界衛生組織標準的化學物質。因此，如果大家要以塑膠容器加熱食物，必須選擇標明可用於微波爐的器皿，其他的塑膠容器切勿放進微波爐加熱啊！
